民國57年政府實施九年國民教育，本校時為望安國中將軍分部。民國66年9月將軍分部奉准成立將澳國民中學，由張捷茂校長兼任籌備主任，67年8月1日原址獨立設校，更名為澎湖縣立將澳國民中學。民國67年8月李耀春先生為首任校長，歷經第二任翟昌順先生、第三任蔡平和先生、第四任呂祝義先生、第五任許德便先生和第六任許吉堆先生等歷任校長經營擘畫下。訂定多項中長期發展計畫，建立體制及規章，發展體育、游泳教學為特色，各項表現為離島學校之翹楚，盛極一時。

　　民國89年第七任校長王文信先生改建教學行政大樓完成，學校硬體設施規模抵定，成為將軍嶼上最宏偉的學習殿堂，陪伴島上的孩子渡過他(她)們的年少歲月，920位校友分佈在各行各業，成為社會的中堅。

　　第八任校長孫仲箎校長，在九年一貫課程實施後，極力發展學校特色，取材當地文石工藝特色，聘請藝師教授文石磨研課程，成立文石展示室，為本校技藝教育發展重點，成果斐然。

　　第九任校長郭文耀先生致力於課程革新，首先加入海洋元素帶領學生認識澎湖島群，課程設計著重彰顯海洋教育精神，主題教學內容豐富多樣，又成為本校另一教育特色。
　　第十任校長吳國裕先生為因應束北季風之劣勢發展羽球運動，一時蔚為風氣，在多項比賽中締造佳績。

　　然近年因近海漁業的沒落，人口外流嚴重，學生人數銳減，每班不及十人，又新住民子女比例急速增加，以致於本校雖然有著小班小校－利於照顧每一位學生的優點，卻也有著缺乏競爭力與文化不利的潛在缺點，尊重多元文化關懷弱勢成為本校持續深耕的一塊園地。

　　第十一任校長仰瓊宜女士97年8月1日到任後，秉承多位校長蓽路籃縷奠定的辦學基礎，繼續推動各項特色發展，在穩定中力求卓越，並以「全面品質管理」觀念，積極推動教學行政革新，研擬校務發展計畫，爭取多項經費改善教學環境設施，以期營造安全健康的學習環境。此外落實「教學領導」的理念，協助教師提昇教學效能與學生學力，期望以「全人教育」理念來推動品格教育、提昇學習競爭力、開創視野累積智慧等辦學目標，以期培養學生適應未來生活的各種能力，造就國家未來好的公民。101年申請教育部藝術深耕，開設吉他社團，讓孩子有音樂的洗禮與啟發。

　　第十二任校長葉天文先生，於102年8月1日到任，在先輩校長奠定穩定根基下，持續培育將澳學子成為---會做人、會做事、多閱讀、多運動，營造多元學習與適性發展的環境，把每一個孩子都帶起來，成就每一個孩子為教育理念。

       第十三任校長許淑娟女士，於107年8月1日到任，持續發揚本校特色，吉他、海洋活動在任內開始有更多變化的影音作品產生，並致力於校園環境美化，離島小校也能擁有綠意盎然的美麗校園。

　　第十四任校長夏德清先生，於110年8月1日到任。